『海のおかあさん』（ヤマハミュージックコミュニケーションズ）
作詞 - 覚和歌子、宮崎駿（覚和歌子「さかな」より翻案）／作曲・編曲 - 久石譲／歌 - 林正子

『崖の上のポニョ』（ヤマハミュージックコミュニケーションズ）
作詞 - 近藤勝也/補作詞 - 宮崎駿/作曲・編曲 - 久石譲/歌 - 藤岡藤巻と大橋のぞみ
主題歌は公開よりも半年以上も前となる2007年12月5日に異例の先行発売となった。8歳の子役大橋のぞみと、二人のおじさんこと藤岡藤巻とが歌う。曲は久石譲の作曲。
2007年12月の主題歌発表会見では、海を描くのが大変で、制作がだいぶ遅れていると言い、宮崎も不機嫌であった。しかし、主題歌を聞いて「のぞみちゃんの無垢なるものの力に打ちのめされました（笑）」と顔をほころばせた[9]。宮崎は「この曲がエンディングで流れて、気持ちにギャップが生まれないようなハッピーエンドを描く責任がある」と決意を滲ませた。